稀有金属的低含量和复杂赋存状态：许多稀有金属在矿石或工业废料中的含量极低，且常常与其他金属和矿物紧密共生，赋存状态复杂多样。例如，稀土元素在矿石中往往以微量的形式分散在多种矿物相中，并且与一些常见的脉石矿物（如石英、长石等）相互夹杂，难以通过简单的磁分离直接提取。这就需要在磁分离前进行精细的预处理，如深度破碎、磨矿等，使稀有金属矿物尽可能地解离出来，但这也会导致处理成本的增加和能耗的上升，同时还可能产生大量的细粒物料，给后续的磁分离带来困难，因为细粒物料容易团聚，影响磁分离过程中磁性颗粒与非磁性颗粒的有效分离，降低稀有金属的回收率和分离纯度，增加了稀有金属回收的技术难度和经济成本。
磁性差异不明显：部分稀有金属及其化合物的磁性相对较弱，与其他共生矿物的磁性差异不够显著，这使得磁分离过程中难以精确地将稀有金属磁性颗粒从复杂的混合物中分离出来。例如，一些钽、铌等稀有金属的氧化物磁性较弱，在常规的磁场强度下，它们与其他非磁性或弱磁性杂质的分离效果不理想，需要采用高梯度磁分离技术或在强磁场环境下才能实现一定程度的分离，但这又对设备的要求更高，设备成本和运行成本也会相应增加，而且即使在强磁场条件下，也难以完全避免其他杂质的混入，导致回收的稀有金属产品纯度不高，难以满足后续深加工的要求，严重制约了磁分离技术在稀有金属回收领域的应用效率和经济效益，需要进一步研究和开发针对稀有金属磁性特点的高效磁分离方法和设备，提高稀有金属的回收质量和效率。
磁介质的污染与损耗：在处理含有稀有金属的物料时，由于矿石或废料的性质复杂，磁介质容易受到磨损和化学侵蚀，导致其表面性能下降，影响磁分离效果，并且可能会有少量的磁介质成分混入回收的稀有金属产品中，造成产品污染。例如，在处理一些酸性较强的稀有金属矿石时，磁介质可能会被酸腐蚀，不仅降低了磁介质的使用寿命，增加了设备维护成本，还可能使腐蚀产物污染回收的稀有金属，降低产品质量，需要寻找耐腐蚀、耐磨损且与稀有金属分离过程相适应的高性能磁介质材料，并开发有效的磁介质保护和再生技术，减少磁介质的损耗和污染，保证磁分离过程的稳定高效运行，提高稀有金属回收的可行性和经济效益，推动磁分离技术在稀有金属资源回收领域的发展和应用。
